自動では反映されません。

振込振替および総合振込の振込指示後、該当する支払い情報は「支払い未済」ステータスとなります。
振込完了後は、バイヤーご自身でインターネットバンキング側の画面などから結果を確認のうえ、
管理画面上で「支払い未済」ステータスから「支払い完了」へ手動で更新してください。

※「支払い完了」への変更は、管理画面の「支払い管理」メニューから操作できます。
　振込が完了していない状態でステータスを変更しないようご注意ください。

詳しくは Docs をご参照ください。